Река берет свое начало в Шапшальском хребте в высокогорном озере Джулуколь на высоте 2200 метров над уровнем моря и через 240 км впадает в южную часть Телецкого озера, принося ему около 70% воды. В бассейне Чулышмана насчитывается более 1200 озер. В начале Чулышман спокойно течет по горной тундре, потом, сжатый скалами, изобилует крутыми и сложными порогами, каньонами, водопадами. В низовьях образует широкую живописную долину, продолжением которой является котловина Телецкого озера. Река имеет много порогов и представляет большой интерес для туристов-водников.