Река берет свое начало в месте схождения Коргонского хребта. Чарыш - бурная река, на значительных участках течет между скалистыми высокими берегами. В верховьях много небольших водопадов. Горную часть бассейна реки вместе с окружающими хребтами называют Горным Чарышем .