Расположена в бассейне реки Каракол, левого притока Ануя и относится к системе Каракольских пещер, расположенных по одноименной реке, в бассейне верхнего Ануя Северо-Западного Алтая. Протяженность Музейной пещеры - 830-850 м, глубина - 27 м. В пещере встречаются кустистые кораллообразные сталактиты и сталагмиты, похожие на жемчуг. Натечно-кристаллические образования из кальцита складываются в нерукотворные шедевры, их разнообразие и уникальность подобна экспонатам музея, откуда и пошло название этой уникальной пещеры, являющейся памятником природы Республики Алтай